<link rel="shortcut icon" id="favicon_id" href="Ваш фавикон">  

  <script>  
  setTimeout(function() {document.getElementById('favicon_id').href='Второе изображение.gif'}, 1000)  
  setTimeout(function() {document.getElementById('favicon_id').href='Третее изображение.gif'}, 2000)  
  setTimeout(function() {document.getElementById('favicon_id').href="Четвертое изображение.gif'}, 3000)  
  setTimeout(function() {document.getElementById('favicon_id').href='Последнее изображение.gif'}, 4000) }  
  </script>